Zánik predchádzajúceho arcibiskupského gymnázia v r.1944, na ktorého tradície dnes nadväzujeme, znamenal nesmiernu stratu pre civilizáciu, pre človeka a pre jeho prirodzené a nadprirodzené učenie.

História predchodcu nášho novozriadeného Arcibiskupského gymnázia siaha do r. 1543 - keď do Trnavy prišla ostrihomská kapitula a kapitulská škola zlúčila v sebe mestskú a farskú školu, aby sa zvýšila úroveň školstva v Trnave.

20.júla 1558 profesor Ellobodius opäť zreorganizovanú školu prvý raz menuje gymnáziom v novom organizačnom štatúte školy. V roku 1561 povolal arcibiskup Mikuláš Oláh do Trnavy jezuitov, ktorí tu otvorili prvé kolégium na území Uhorska. V roku 1566 Mikuláš Oláh založil v Trnave seminár a gymnázium žilo s nim v symbióze.

V roku 1615 sa datuje druhý príchod Jezuitov do Trnavy. Prevzali budovu a r. 1616 začali vyučovať 440 žiakov. O rok mala škola už 600 žiakov.

Profesor Marek Križan sa stal riaditeľom kapitulskej školy v Trnave. Za čias Petra Pazmanya mala škola už 700 žiakov.

Keď r.1765 Peter Pázmany založil trnavskú univerzitu, trnavské gymnázium sa stalo prípravnou školou pre univerzitu. Rektor gymnázia bol súčasne rektorom univerzity, gymnázium patrilo do štruktúry filozofickej fakulty. Gymnázium malo 5 tried, tri filologické a dve humanistické. Vyučovalo tu 6 profesorov a riaditeľ.

V roku 1807 prevzali kráľovské katolícke gymnázium benediktíni a okrem toho otvoril arcibiskup dvojtriedne lýceum, kde študovali budúci teológovia.

V roku 1850 sa Kráľovské gymnázium, podľa rakúskeho vzoru, zmenilo na štvortriedne gymnázium. Počet žiakov sa pohyboval medzi 300 až 500.

7.februára 1852 sa arcibiskupské lýceum a benediktínske gymnázium spojilo v osemtriedne arcibiskupské gymnázium. V roku 1853 sa presťahovalo do terajšej budovy Hollého gymnázia.

Už v roku 1850 sa pod vplyvom rakúskeho vzoru zaviedla maturitná skúška.

1.februára 1938 biskup Pavel Jantausch založil a zriadil na území trnavskej apoštolskej administratúry verejnú strednú školu, toho času takzvané reálne gymnázium pre chlapčenskú mládež.

Podľa zakladajúcej listiny mal byť profesorský zbor zo spoločnosti Saleziánov, všetko riadenie bolo v rukách arcibiskupa. Zriadenie tohto gymnázia našlo veľkú odozvu u verejnosti. V rokoch 1939 - 1944 Rímskokatolícke biskupské slovenské reálne gymnázium pokračuje vo svojej činnosti.

Ústav bol uznaný ako pokračovanie bývalého rímskokatolíckeho arcibiskupského gymnázia v Trnave. Za riaditeľa bol ustanovený profesor Augustín Raška a bol riaditeľom do konca trvania tohto cirkevného gymnázia.

Dňa 3. 9. 2001 sa stalo historickou udalosťou obnovenie Arcibiskupského gymnázia v Trnave, za prítomnosti Jeho excelencie Jána Sokola, metropolitu, arcibiskupa bratislavsko-trnavského. Novozriadené arcibiskupské gymnázium v Trnave vychováva a vzdeláva študentov s vedomím, že súčasná spoločnosť  túži po kresťanskom zmýšľaní a je jediné tohto druhu v trnavskom regióne.

Nová éra gymnázia sa začala v školskom roku 2017/2018, keď sa presťahovalo do nových zrekonštruovaných priestorov na ulicu Jána Hollého 9, kde svojim moderným vybavením poskytuje kvalitné vzdelanie pod vedením riaditeľa školy PhDr. PaedDr. Ľuboša Hašana, PhD., MBA, LL.M.